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在各类真菌病的治疗中，口服抗真菌药以其疗程短，患者依从性好，复发率低等优点已成为大多数真菌疾病的首选治疗。在诸多口服抗真菌药中，医生需根据指南或共识的推荐结合患者的自身情况进行选择。
皮肤癣菌病
对于常见的手足癣、体股癣，各个指南推荐的系统治疗药物都是伊曲康唑和特比萘芬，这两类疾病用药指征也类似，即外用药效果不佳、皮损泛发或经常反复发作的患者，还包括免疫功能低下及糖尿病患者。
对于复杂性皮肤癣菌病，现在还推荐外用加口服联合治疗方式，这样既兼顾了口服的抗菌活性和深在性感染的储集性，也兼顾了外用的快捷性。如口服 1 周伊曲康唑，外用 1 周特比萘芬。
甲真菌病
甲真菌病的治疗可以说是是最能体现皮肤科医生真菌治疗能力的一类病症，如果能够自如的应对甲真菌病，那么花斑糠疹、手足癣、体股癣自然是不在话下。甲真菌病同样推荐口服抗真菌药，因为适合采取外用治疗的白色浅表型甲真菌病不足 5%，当明确为此类时优先使用外用药。口服系统治疗包括伊曲康唑、特比萘芬及氟康唑，而较多临床研究表明氟康唑治疗甲真菌病的临床和真菌学治愈率均明显低于伊曲康唑或特比萘芬，所以不再推荐其作为一线治疗。
尽管很多临床医师知道使用用伊曲康唑间歇冲击疗法或特比萘芬连续疗法治疗甲真菌病，但实际上疗程是不足的，往往是患者担心肝损伤的副作用。然而无论是伊曲康唑还是特比萘芬，造成肝酶升高的概率不超过 1/3000，且抗真菌药的肝损并非剂量依赖性，而是在于患者有无肝脏 P450 酶的结合位点，这一点临床医生应掌握。
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